Method for the Coding of Contact Matrix
// Datenübertragung // Informations- und Kommunikationstechnik
Ref-Nr: 17166
Einleitung / Abstract
Die Repräsentation und Codierung von genomischen Annotationen wird derzeit von ISO/IEC JTC 1/SC 29/WG 8 (MPEG-G) standardisiert. Die vorliegende Erfindung wurde in den Standardisierungsprozess eingebracht und betrifft ein Verfahren zum optimierten Komprimieren von Genomdaten.
Abb. 1: Komprimierte Dateigröße der Kontaktmatrix mit unserem Verfahren im Vergleich zum bestehenden Stand der Technik. Unser Ansatz CMC ist bis zu 3-mal besser als die anderen Verfahren wie LZMA und BZip2.
Hintergrund
Bekannte Verfahren, Vorrichtungen zum Komprimieren und Dekomprimieren sowie Übertragen von Genominformationen bzw. -daten nutzen unterschiedliche Kompressionsmethoden, um eine entsprechende Datenmenge zu reduzieren. Wird ein jeweiliges Kompressionsverfahren isoliert angewandt, so bietet sich lediglich der Vorteil des Kompressionsverfahrens selbst. Entsprechende Effekte von Kombinationen von Kompressionsverfahren bleiben häufig ungenutzt.
Lösung
Das Verfahren zum optimierten Komprimieren von Genomdaten, welche als jeweilige Dateninformationen in Zellen einer Datenmatrix vorliegen und die Zellen in Datengruppen entlang mehrerer Dimensionen der Datenmatrix angeordnet sind, enthält folgende Schritte: • Transformieren der Datenmatrix, welches mit einem Sortieren der Dateninformationen einhergeht • Komprimieren der sortierten Datenmatrix (beispielsweise entweder mittels Entropiecodierung oder Jbig-Komprimierung, LZMA, BSC- und/oder BZip-Komprimierung) Um die komprimiert sortierten Dateninformationen zu dekomprimieren, werden folgende Schritte durchgeführt: • Dekomprimieren der komprimierten Datenmatrix • Rücktransformieren der dekomprimierten Datenmatrix (das Rücksortieren der Dateninformationen erfolgt invers zur Sortiervorschrift).Vorteile
Mit der erfindungsgemäßen Technologie können genomische Daten codiert und decodiert werden
Anwendungsbereiche
Codierung genomischer DatenSie können dieses Fenster schließen. Ihre Suchergebnisse finden Sie in dem vorherigen Fenster
